Münster Üniversitesi, üniversitenin temel organizasyon birimlerini oluşturan 15 bölüme ayrılmıştır. Bunlar arasında Protestan İlahiyat Fakültesi, Katolik İlahiyat Fakültesi, Hukuk Fakültesi, İktisat Fakültesi, Tıp Fakültesi, Eğitim ve Sosyal Bilimler, Psikoloji ve Spor Bilimleri, Tarih / Felsefe, Filoloji, Matematik ve Bilgisayar Bilimleri, Fizik, Kimya ve Eczacılık, Biyoloji, Yerbilimleri.
Buna ek olarak, zanaatkârlardan profesörlere kadar 5000 çalışan, yaklaşık 230 bina ve birkaç yüz tesise yayılmıştır.
